Clasificación de plásmidos por relaxasas

Abstract

RESUMEN: Los plásmidos son elementos genéticos extracromosómicos implicados en la aparición de microorganismos multi-resistentes, dada su capacidad para transferir horizontalmente genes de resistencia a antibióticos. Por tanto, es importante contar con un método de clasificación de plásmidos eficaz que facilite su estudio epidemiológico. Los métodos tradicionales de clasificación, basados en los mecanismos de replicación del plásmido (PCR-Based Replicon Typing; PBRT), presentan problemas diversos. En este trabajo, definimos el método de clasificación de relaxasas por cebadores degenerados (Degenerated-Primer MOB-Typing; DPMT) y lo comparamos con PBRT. Para ello, re-analizamos seis colecciones de aislados bacterianos, previamente clasificadas PBRT. DPMT tiene una exhaustividad y especificidad muy alta. Clasifica un porcentaje de aislados mucho mayor que PBRT (94,4% frente a 80,3%). Pero DPMT deja sin clasificar algunos aislados sí clasificados por PBRT, por lo que son métodos complementarios. También se secuenciaron 18 plásmidos de entre los detectados en las seis colecciones analizadas. Se hizo un análisis de cada uno de ellos, comparándolos con la de las secuencias más próximas filogenéticamente.

ABSTRACT: Plasmids are extrachromosomal elements involved in the appearance of multi-drug resistance microbes, due to their ability to laterally transfer antibiotic resistance genes. Though, it is very important to have a comprehensive classification method for plasmids, in order to undergo epidemiological studies safely. Traditional classification methods, based on plasmid’s replication mechanisms (PCR-Based Replicon Typing, PBRT), has several drawbakcs. In this work we present a classification method based on the amplification of the relaxases with degenerated primers (Degenerated-Primer MOB Typing; DPMT) and compare them with PBRT. To do so, we re-analyzed six collections of bacterial isolates, previously classified under PBRT scheme. DPMT has a very high specificity and sensitivity. It classifies a higher percentage of isolates than PBRT did (94.4% vs 80.3%). But PBRT classifies some isolates that DPMT cannot, underscoring the complementarity of both methods. We also sequenced 18 new plasmids, detected during DPMT classification of the six collections mentioned. We analyzed each of them, comparing their sequences with their closest phylogenetically.