Analysis of the function of SP6 and SP8 transcription factors in the limb ectoderm

Abstract

SP6 y SP8 son importantes factores que operan en el ectodermo de la extremidad, tanto en el establecimiento del patrón próximo-distal como en el dorso-ventral. El objetivo de la presente tesis es entender las redes reguladoras dependientes de SP8 que operan en el ectodermo de la extremidad. Para ello identificar los genes diana de SP8 combinamos los datasets obtenidos de ChIP-seq y RNA-seq. Nuestros resultados sugieren que la actividad transcripcional de SP8 es compleja y puede actuar directa (a través de cajas GC) o indirectamente (a través de DLX5) para activar o reprimir los genes diana dependiendo del contexto. Además, dada la redundancia de SP6 y SP8 decidimos investigar su posible interacción a nivel de proteína mediante estudios de Complementación Fluorescente Bimoleculary Coinmunoprecipitación en células HEK-293. Nuestros resultados afirman que SP6 y SP8 forman homo y heterodímeros, siendo el dominio de los dedos de zinc de SP8 esencial para esta interacción.

SP6 and SP8 are important factors operating in the limb ectoderm at a crossroad between proximo-distal and dorso-ventral patterning. The aim of the present thesis is to understand the complexity of the SP8 dependent regulatory networks operating in the limb ectoderm. Therefore, combination of genome-wide ChIP-seq and RNA-seq analyses were performed for the identification of SP8 target genes. Our results suggest that SP8 transcriptional activity is complex and can work directly (GC boxes) or indirectly (though DLX5) to activate or repress target genes depending on the context. As SP6 and SP8 are functionally equivalent and work in concert during limb development we investigated their possible protein‐protein interactions by Co-Immunoprecipitation and Bimolecular Fluorescent Complementation essays in HEK293 cells. We found that SP6 and SP8 can form homo and heterodimers through the zinc finger domain of SP8.