Variación de la flora bacteriana en pacientes con EPOC agudizado y tras su posterior estabilización : caracterización molecular mediante metagenómica

Abstract

RESUMEN: Se estudiaron 60 pacientes con EPOC para caracterizar la microbiota del tracto respiratorio inferior durante las exacerbaciones y su posterior estabilización. Un total de 118 muestras de esputo de calidad suficiente se incluyeron finalmente para el análisis bioinformático: 60 en "exacerbación" y 58 obtenidos tras la posterior estabilización. Se identificaron 4 microbiotas diferentes. Las microbiotas 1, 2 y 3 fueron específicas para muestras en "exacerbación" (n=7, 12 y 3 pacientes). En ellas, la causa se determinó como bacteriana, principalmente por Haemophilus (p = 0.014). El cluster 4 presentó una mayor diversidad y se compuso del total de muestras en "estable" (n=58/58) y del resto de las muestras en "exacerbación" (n=38/60), sugiriendo etiología no bacteriana. Se identificaron virus respiratorios en 11 muestras, todas ellas en "exacerbación". La agudización vírica no modificó la microbiota, más allá de un aumento de la abundancia relativa de microorganimos consumidores de lactato como Veillonella.

ABSTRACT: 60 patients with COPD were studied in order to characterize the microbiota of the low respiratory tract of during exacerbation and posterior stabilization. A total of 118 sputum samples of sufficient quality were finally included for bioinformatics analysis: 60 from the "exacerbated" clinical category and 58 obtained after posterior stabilization. 4 different microbiotas were identified. The bacterial microbiotas 1, 2 and 3 were specific for exacerbated patients (n= 7, 12 y 3 patients). The cause of the exacerbation, was determined as bacterial, mainly by Haemophilus (p=0.014). In cluster 4, both the “stable” (n=58/58) and the rest of the "exacerbated" sputum samples (n=38/60) with higher diversity were found, suggesting no bacterial exacerbations. Respiratory viruses were identified in 11 samples, all from the "exacerbated" clinical category. Viral exacerbation did not modify the microbiota, beyond an increase in the relative abundance of lactate-consuming microorganisms such as Veillonella